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品牌: biomedworld 公司: 沃登醫(yī)學

提供商： 沃登醫(yī)學 服務名稱： 基因組測序

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基因組測序一、基因組測序服務介紹 基因組測序是對已有參考序列（Reference Sequence）的物種的不同個體進行基因組測序，并以此為基礎(chǔ)進行個體或群體水平的差異性分析。通過基因組測序，研究者可以找到大量的單核苷酸多態(tài)性位點（SNP）、拷貝數(shù)變異（Copy Number Variation，CNV）、插入缺失（InDel，Insertion/Deletion）、結(jié)構(gòu)變異（Structure Variation，SV）等變異位點。這在人類疾病及動植物育種研究等方面具有重大的指導意義。 將構(gòu)建不同長度的插入片段文庫和短序列、雙末端測序相結(jié)合的策略進行高通量測序，幫助客戶在全基因組水平上掃描并檢測與重要性狀相關(guān)的基因序列差異和結(jié)構(gòu)變異，實現(xiàn)遺傳進化分析及重要性狀候選基因預測，具有重大的科研和產(chǎn)業(yè)價值。 測序深度（Sequencing Depth）測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小（Genome）的比值，它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關(guān)的關(guān)系，測序帶來的錯誤率或假陽性結(jié)果會隨著測序深度的提升而下降。重測序的個體，如果采用的是Paired-End或Mate-Pair方案，當測序深度在10~15X以上時，基因組覆蓋度和測序錯誤率控制均得以保證。全基因組重測序原理圖二、基因組測序服務內(nèi)容1. 測序提取基因組DNA，進行片段化，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~0.5 Kb），加上接頭, 進行cluster制備，最后利用Paired-End（Solexa）的方法對插入片段進行重測序。2. 數(shù)據(jù)處理測序完成后，經(jīng)過濾接頭等污染后獲得的reads，比對到參考基因組上，進行測序深度、覆蓋度及均一性等產(chǎn)出數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估。3.標準數(shù)據(jù)分析1）一致性序列組裝與參考基因組序列（Reference genome sequence）的比對分析，利用貝葉斯統(tǒng)計模型檢測出每個堿基位點的最大可能性基因型，并組裝出該個體基因組的一致序列。2）SNP檢測及在基因組中的分布提取全基因組中所有多態(tài)性位點，結(jié)合質(zhì)量值、測序深度、重復性等因素作進一步的過濾篩選，最終得到可信度高的SNP數(shù)據(jù)集。并根據(jù)參考基因組序列對檢測到的變異進行注釋。3）InDel檢測及在基因組的分布在進行mapping的過程中，進行容Gap的比對并檢測可信的Short InDel。在檢測過程中，Gap的長度為1~5個堿基。4）Structure Variation檢測及在基因組中的分布目前我公司能夠檢測到的結(jié)構(gòu)變異類型主要有：插入、缺失、復制、倒位、易位等。根據(jù)測序個體序列與參考基因組序列比對分析結(jié)果，檢測全基因組水平的結(jié)構(gòu)變異并對檢測到的變異進進行注釋。三、基因組測序服務說明1.樣品純度：OD 260/280值應在1.8～2.0 之間；RNA 應該去除干凈；2.樣品濃度：最低濃度不低于50 ng/μl；3.樣品總量：每個樣品總量不少于15 μg；4.樣品溶劑：要溶解在H₂O或TE (pH 8.0)中；5.樣品運輸： DNA低溫運輸（-20℃）；且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染；6. 若另有疑問歡迎向本公司咨詢，我們將竭誠為您服務。四、基因組測序服務質(zhì)量承諾1.準確可靠的測序結(jié)果；2.專業(yè)權(quán)威的分析報告；3.真實的原始實驗數(shù)據(jù)；4.詳細的實驗步驟。